Saison 1
Le 10 août 2010 du calendrier impérial (soit en 1955 du calendrier grégorien), l'empire sacré de Britannia écrase les forces japonaises et conquiert le pays en moins d'un mois grâce à leur nouveaux mechas nommés Knightmare. Dans la défaite, le Japon perdit son indépendance et fut renommé Area 11. Les japonais quant à eux perdirent tous leurs droits et leur identité nationale, renommés Eleven. Ils furent déplacés dans des ghettos, cédant la majeure part du territoire aux colons britanniens. Pourtant des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance.
Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur de Britannia lui-même, ne fit rien pour pourchasser les responsables de l'attentat qui coûta la vie de sa mère et qui mutila sa jeune sœur.
Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre un groupe de rebelles Eleven et l'armée britannienne, il découvre un secret militaire : une mystérieuse jeune fille connue seulement sous le nom de C.C. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, le pouvoir des Rois, qui se manifeste chez Lelouch par le « pouvoir de l'obéissance absolue », qui lui permet d'imposer sa volonté à toute personne qui croise son regard. Ce pouvoir est cependant limité par le fait qu'il n'est possible de l'utiliser qu'une seule fois sur la même personne. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener son combat tant voulu contre Britannia afin de réaliser ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix. Il prendra alors l'alias de Zero et créera une organisation terroriste qu'il nommera : l'Ordre des Chevaliers Noirs.
Saison 2/R2
Un an après la Black Rebellion engendrée par l'Ordre des Chevaliers Noirs, la mort de Zero est une évidence dans les esprits. Les Japonais n'ont plus d'espoir de sauver leur patrie mais se raccrochent quand même à l'espoir du retour de Zero. Les membres de l'OdCN ont été capturés par l'armée de Britannia et le nouveau Gouverneur de la Zone 11 se nomme Calarès.
Tout semble être redevenu normal, comme avant l'arrivée de Zero. Mais les choses ne se déroulent pas comme prévu : alors que Britannia recherche de C.C., elle se montre en compagnie des derniers membres libres de l'OdCN en prenant d'assaut la Tour de Babel, une tour très populaire pour ses spectacles et casinos. Au cœur de cette assaut se trouve malencontreusement un jeune étudiant : Lelouch Lamperouge. Il évite à tout prix les terroristes et cherche désespérément dans les décombres de la tour son jeune frère Rollo. On découvre finalement que la mémoire de Lelouch avait été modifié, grâce a l'aide de C.C il recouvre la mémoire et reprend la lutte contre Britannia sous le masque de Zero